امام خمینی (ره) همواره از وحدت حوزه و دانشگاه و اتحاد و یکرنگی میان این دو قشر تحصیل کرده یاد می کرد، رهنمودهایی می فرمود و نسبت به توطئه ها هشدار می داد، ایشان می فرمود:

طلاب علوم دینی و دانشجویان با هم روابط دوستانه و فعالانه داشته باشند و بر اساس به دست آوردن استقلال و آزادی و خلع ید غاصبان از حقوق ملت در تمام ابعادش، به سایر طبقات ملت بپیوندند. [1]

اگر این نهضت غیر از این یک خاصیت نداشت که بین طلاب علوم دینیه و قشر دانشگاهی یک رابطه پیدا شد، اگر غیر از این ما هیچی نداشتیم، این بالاترین چیزی بود که نتیجه ای بود که حاصل شد از این نهضت، اگر بگذارید بماند، اگر بگذارند که باز این نتیجه باقی بماند. جدیت کنید. آقا رمز تقدم شما، امروز، رمز پیروزی شما وحدت کلمه است. اگر وحدت کلمه را از دست شما گرفتند باز همان اسارت است و باز همان غارتگری ها اعاده می شود. [2]

آنها برنامه شان این است که دانشگاه را از فیضیه جدا کنند، در سالهای طولانی بنای آنها این بود که این دو قشر را که سعادت یک ملت و عظمت یک ملت و استقلال یک ملت بسته به این دو قشر است ( قشر روحانی و قشر دانشگاهی و اینها مغز متفکر یک ملت هستند) کوشش کردند که این دو قشر را از هم جدا کنند که با هم دشمن کنند و ما دیدیم و شما دیدید که این دو قشر با هم دشمن بودند تا این انقلاب اسلامی پیدا شد و اسلام دعوت خودش را شروع کرد و دعوت اسلام پیوند همه قشرها و خصوصا پیوند دانشگاه و فضیه است و تا این دو قشر با هم پیوند داشته باشند استقلال کشور شما محفوظ می ماند. هم دانشگاه چشمهای خودش را باز کند و هم فیضیه، بدانید شما که باز دستهایی در کار است که شماها را از هم جدا کنند. آنها، آنهایی که استعمارگرند، آنهایی که تابع استعمارگران هستند، آنهایی که قبله شان یا لندن است یا واشنگتن یا مسکو، پیوند این دو قشر را به مصالح خودشان و مصالح اربابانشان مضر می دانند، از این جهت در صددند که این دو قشر از هم جدا باشند. همان طور که دیدید که در طول پنجاه سال سلطنت منحوس پهلوی که سر سپردگی خودش را به دولتهای خارج اثبات کرد، بین این دو قشر جدایی افکندند و اینها را با هم دشمن کردند و دیگران و مخالفین با این ملت، از این آب گل آلود ماهی گرفتند، ثروتهای شما را در طول این پنجاه سال و خصوصا این چندین سال سلطنت محمد رضا به باد فنا دادند و نتیجه، دشمنی دانشگاه و فیضیه شد و دشمنی دانشگاه و فیضیه بیمه کرد و می کند، اگر خدای ناخواسته اعاده بشود، بیمه می کند مصلحتهای ابرقدرتها را. عزیزان دانشگاهی من و عزیزان فیضیه من، آگاه باشید که دشمنها در صددند بین شماها تفرقه بیندازند و توجه داشته باشید که اگر دانشگاه و فیضیه اصلاح بشود کشور شما استقلال خودش را بیمه می کند.