امام خمینی (ره) حوزه و دانشگاه را مغز متفکر و نیروی محرکه جامعه می دانستند که آماج توطئه ها و تفرقه افکنیهای دشمنان قراردارند، و همواره لزوم هوشیاری و تهذیب در این دو قشر را مورد توجه قرار می دادند معظم له دراین باره می فرمود:

تکلیف همه ما چیست؟ تکلیف مهمی که متوجه به این قشر است و این قشر یعنی روحانیون و دانشگاهی ها و دانشجوها. آن که مغز متفکر جامعه است همین دو طایفه اند، اینها مغز متفکرند، دانشگاهی ها، چه آنهایی که از دانشگاه بیرون آمده اند و حالا وکیل دادگستری شده اند و یا حقوقدان شدند یا هر چیز، چه این قشر روحانی که مشغول تحصیلند یا از تحصیل فارغ شده اند و مشغول ترویج و کارهای دیگر هستند، مغز متفکر جامعه شما دو طایفه هستید، و آن قشری که می تواند خنثی کند آن توطئه هایی که با کمال دقت برای شکست دادن نهضت در شرف تکوین است، تکلیف برای شما دو طایفه از سایرین زیادتر است و مسئولیتتان بسیار زیاد، همه مسئولند لکن شما دو طایفه مسئولیتتان زیادتر است. و آنها در صدد هستند که بین شما دو طایفه ای که با هم مربوط شدید و دیگر صحبتی نبود که دانشگاهی کذا و روحانی کذا، همه با هم بودید و پیش بردید بحمد الله و فهمیدید که با باهم بودن پیش می برید، شما دو قشری که مغز متفکر بودید، وقتی با هم مجتمع شدید قشرهای دیگر پیوند کردند با شما، تکلیف شما و این قشر روحانیون و شما آقایان دانشگاهی ها این که دست از هم بر ندارید... دانشگاه و حوزه های علمیه روحانیون می توانند دو مرکز باشند برای تمام ترقیات و تمام پیشرفتهای کشور و می توانند دو مرکز باشند برای تمام انحرافات و تمام انحطاطات. از دانشگاه هست که اشخاص متفکر متعهد بیرون می آید، اگر دانشگاه، دانشگاه باشد. اگر دانشگاه واقعا دانشگاه باشد و دانشگاه اسلامی باشد یعنی درکنار تحصیلات متحقق در آنجا تهذیب هم باشد، تعهد هم باشد، یک کشوری را اینها می توانند به سعادت برسانند. و اگر حوزه های علمیه مهذب باشند و متعهد باشند، یک کشور را می توانند نجات بدهند. علم تنها اگر ضرر نداشته باشد، فایده ندارد. وقتی ما یک نظر وسیعی به همه دنیا و به همه دانشگاه هایی که در دنیا هست بیندازیم، تمام این مصیبتها که برای بشر پیش آمده است ریشه اش از دانشگاه بوده، ریشه اش از این تخصصهای دانشگاهی بوده، این همه ابزار فنای انسان و این همه پیشرفتهایی که به خیال خودشان در ابزار جنگی دارند. اساسش از دانشمندانی بوده که از دانشگاه بیرون آمده اند. دانشگاهی که در کنار او اخلاق نبوده است، در کنار او تهذیب نبوده است. و تمام فسادهایی که در یک ملتی یا ملتها پیدا شده از حوزه های علمیه ای بوده که متعهد به دستورات اسلامی نبوده اند. تمام این ادیانی که ساخته شده است از دانشمندان و علما سرچشمه گرفته است؛ علمی که پهلوی او اخلاق و تعهد اسلامی نبوده است، تهذیب نبوده است. دنیا را دانشگاه به فساد کشانده است و دنیا را دانشگاه می تواند به صلاح بکشد. دانشگاه های سرتاسر جهان اگر چنانچه موازنی انسانی را، اخلاق انسانی را، آنچه که در فطرت انسان است، درکنار تعلیم و تعلم قرار بدهند، یک عالم، عالم نور می شود. و اگر چنانچه تخصص ها و علم ها منفصل باشد از اخلاق، منفصل باشد از تهذیب، منفصل باشد از انسان آگاه، انسان متعهد، این همه مصیبت هایی که در دنیا پیدا شده است از همان متفکرین و متخصصین دانشگاه ها بوده. این دو مرکز علم است هم می توان مرکز تمام گرفتاری های بشر باشد و هم می تواند مرکز تمام ترقیات معنوی و مادی بشر باشد. علم و عمل، علم و تعهد به منزله دو بال هستند که با هم می توانند به مراتب ترقی و تعالی برسند...

منبع: صحیفه امام ، جلد 13، صفحه 413